【最新版】NIPTの費用を徹底比較 | 認可施設と認可外施設の選び方

NIPT（新型出生前診断）は、母体の血液だけで胎児の染色体異常の可能性を調べられる検査です。

採血のみで実施できるため羊水検査のような流産のリスクがなく、検査精度が高いことから利用する妊婦さんが増えています。

一方で、費用相場は10万〜20万円と高額で、施設によって検査項目やサポート内容が大きく異なります。そのため、

「結局いくらかかるの？」

「施設ごとに料金が大きく違うのはなぜ？」

と疑問を持つ方も少なくありません。

このコラムでは、認可施設と認可外施設の費用の違い、料金の内訳、そして検査施設を選ぶ際のポイントをわかりやすくまとめました。

NIPTの認可施設と認可外施設の費用比較

NIPTを提供する医療機関は、「認可施設」とそれ以外のいわゆる「認可外施設」に分けられます。

施設によって検査内容やサポート体制が大きく違うため、費用だけで判断せず、カウンセリング体制、陽性時のフォロー、提携病院の有無なども総合的に確認することが大切です。

染色体異常の種類一覧表

認可施設の費用

認可施設の費用は、数年前までは20万円前後が主流でしたが年々下がっており、2025年12月現在では10万円程度で受けられる施設が増えています。

以下は、首都圏の認可施設における費用例です。

【認可施設：首都圏の医療機関で比較】

	A大学附属病院	Bレディースクリニック
総額（推定）	176,100円	99,000円
検査費用	165,100円検査後遺伝カウンセリング含む	99,000円診察料+結果説料含む
遺伝カウンセリング費用	11,000円（検査前）オンライン可能	費用に含む（30分）
陽性時の確定診断費用	記載なし	無料で実施
年齢制限	基本的に35歳以上	制限なし
受検条件	異常所見・既往など条件あり	不安の強さ・既往など条件あり
紹介状	必要	不要
夫婦同伴	基本必須	任意
予約の取りやすさ	火・木曜のみ、枠が限られる	非公開
結果が出るまで	約2週間	2～5営業日

大学病院・総合病院では初診料や再診料が別途発生することが多く、総額が高くなる傾向があります。

一方でレディースクリニックは診療体制がコンパクトな分、総額が10万円前後に設定されているケースが増えています。

認可施設は費用がやや高めになる場合がありますが、検査前後のサポートが手厚いことや、陽性時に基幹病院での確定診断につなげやすい点が大きな強みです。

認可外施設の費用

認可外施設の費用は、選択するプランや検査範囲によって大きく変動します。

多くの施設では「21・18・13トリソミーのみ」のプランは少なく、性染色体検査を含むプランが基本として設定されていることが一般的です。

費用相場は基本プランで15～20万円前後、全染色体や微小欠失症候群まで調べるフルプランでは20〜30万円程度になります。

以下は、首都圏の認可外施設における費用例です。

認可外施設では複数の検査プランが用意されていることが多く、自分が知りたい範囲に応じて選べる点が特徴です。オンライン診察や迅速な結果通知を導入している施設も多く、利便性を重視したい方にとって利用しやすい環境といえます。

ただし、遺伝カウンセリングが簡易的であったり、フォロー体制が限定的な施設もあります。料金が安く見えても陽性時のサポートが含まれていないケースもあるため、検査項目だけでなくカウンセリング体制や陽性時のサポート内容も必ず確認しておきましょう。

NIPT費用を比較する際のポイント

NIPTの費用は大きく分けて、「検査そのものにかかる料金」「遺伝カウンセリングの費用」「その他の実費」の3つで構成されています。金額の見た目が同じでも、これらの内訳が施設ごとに大きく異なることは珍しくありません。

認可施設では検査料・カウンセリング料・初診料などが個別に設定されていることが多く、合計すると想定より高くなる場合があります。

一方、認可外施設ではこれらをまとめたパッケージ料金を採用しているケースが多く、追加費用の扱いが施設によって異なります。

そのため、NIPT費用を比較する際は「料金に何が含まれているのか」を必ず確認しましょう。

検査そのものにかかる費用（10万〜25万円前後）

NIPTの中心となる費用は「検査料」にあたりますが、この検査料に含まれる内容は施設によって大きく異なります。

DNA解析の料金に加え、採血料や検体輸送費、報告書作成料などを含めている施設もあれば、これらを別料金としている施設もあります。

もっとも費用差が生じやすいのはどこまでの染色体を調べるかという点で、検査範囲が広がるほど費用も高くなります。

このようにNIPTは施設ごとにプラン内容が大きく異なるため、「必要最低限の項目だけを確認したいのか」「できるだけ幅広く調べたいのか」といった希望に合わせて選ぶことが大切です。

遺伝カウンセリングの費用（0〜1.5万円／回）

NIPTの遺伝カウンセリングは、検査を正しく理解し、結果の受け止め方や今後の選択について納得して判断できるよう支援するためのものです。

カウンセリング費用は施設によって大きく異なり、次のような傾向があります。

	認可施設	認可外施設
遺伝カウンセリング費用	多くが別料金（5,000〜11,000円／回）	検査費用に含まれることが多い
遺伝カウンセリングの実施	必須（検査前後の2回）	実施しない施設もある
形態	対面が中心（30～60分程度）	対面・オンラインなどさまざま

認可施設では、原則として検査前と結果説明の2回のカウンセリングが行われます。一方、認可外施設では回数や実施方法にばらつきがあり、陽性時のみカウンセリングを行うケースもあります。

そのため料金だけで比較せず、誰が、どのような形でカウンセリングを行うのかを事前に確認しましょう。

その他発生する可能性のある費用（数千円〜）

NIPTの検査料金とは別に、次のような費用が追加で必要となる場合があり、金額は施設ごとに幅があります。

確定診断費用は高額になるため、検査料金にどこまで含まれているかは確認しておきましょう。

NIPT費用に関わる制度

日本では、NIPTの費用を公的に助成する全国統一の制度はありません。検査はすべて自費診療となり、認可施設・認可外施設のいずれで受けても全額自己負担です。

健康保険や医療費控除は「治療を目的とした医療行為」が対象となるため、スクリーニング検査であるNIPTには適用されません。

公的な補助制度についても相談支援や情報提供にとどまっており、NIPT費用への直接的な補助は全国的には確認されていません。（2025年12月現在、当社調べ）

一方で、出産に関する経済的支援としては「出産育児一時金」や「妊婦のための支援給付」など、妊娠全般をサポートする制度は拡充しつつあります。

制度内容は自治体ごとに異なるため、住んでいる地域で利用できる支援がないか、事前に確認しておくことをおすすめします。

まとめ

NIPTの費用は、認可施設と認可外施設で内容や料金体系が大きく異なります。

認可施設は10万〜18万円が中心で、検査項目は21・18・13トリソミーに限定されます。費用はやや高めになる傾向がありますが、遺伝カウンセリングが必須で、陽性時に医療機関と連携しやすい点が大きな安心材料です。

認可外施設は検査範囲を広く選べるのが特徴で、費用は9万〜30万円程度と幅があります。オンライン診察や結果通知の早さなど、利便性を重視したサービスを選べる点がメリットです。

費用差が生まれる最大のポイントは、調べる染色体の範囲やサポート内容の違いにあります。

どこまで知りたいのか、どのようなサポートを受けたいのかを踏まえ、家族と話し合いながら自分に合った検査を選ぶことが大切です。

NIPT費用に関するよくある質問

ここではNIPT費用に関するよくある質問についてお答えいたします。

Q.NIPT費用が安い施設の検査精度や安全性は大丈夫ですか？

A.  費用が安いからといって、検査精度が低くなるわけではありません。

多くの施設は、同じ海外ラボや国内大手検査会社に解析を委託しており、検査方法や使用機器が共通しているケースも多く見られます。そのため、技術的な精度そのものは施設間で大きく変わらないことが一般的です。

実際に結果の確実性に影響しやすいのは、検査前後の運用体制です。具体的には、

• 採血後の検体が適切な温度・方法で保管され輸送されているか
• 解析を行うラボの品質管理体制（ISO取得の有無など）が整っているか
• 妊娠週数や胎児DNA量（FF値）のチェックが適切に行われているか

といった点が精度の安定性に関わります。

これらは受検者側からは確認しにくいため、施設選びでは、検体の解析をしているラボ名が公開されているか、再検査無料や返金保証などの対応が明確かといった情報が判断材料になります。

費用だけで選ぶのではなく、検査体制・品質管理・サポート内容も含めて比較することが重要です。

Q.NIPTのための交通費は医療費控除の対象になりますか？

A.  NIPT自体が医療費控除の対象外であるため、交通費も控除の対象にはならない可能性が高いです。

医療費控除で認められる交通費は、治療や診療を受けるために必要だった場合に限られます。

国税庁は「母体血を用いた出生前遺伝学的検査（NIPT）の費用は医療費控除の対象となりません」と明記しています。そのため、NIPTを受けるための交通費も控除の対象にはならないと考えられます。

なお、医療費控除の判断は最終的に税務署が行います。申告に迷う場合は、事前に所轄の税務署へ確認しておくと確実です。

Q.双子の場合も費用は同じですか？

A.  多くの施設では単胎妊娠と同じ料金で受けられます。

双胎妊娠に追加料金を設けていない施設が大半です。

一方で、双胎妊娠では母体血中に2人分の胎児DNAが混ざるため、どちらの胎児に由来するDNAかを区別できません。その影響で、受けられる検査項目が単胎よりも限定されるのが一般的です。

双胎妊娠の場合、多くの施設で受けられるのは「21・18・13トリソミー」の3項目のみであり、性別判定や微細欠失検査は対象外となります。

双子でNIPTを検討する場合は、双胎に対応している施設か、どの項目まで検査できるのかを事前にご確認ください。